Einmal in Organismen aufgenommene Substanzen werden mit Dekontaminationsmaßnahmen nicht mehr oder nur bedingt erreicht. Das betrifft  vor allem die Aufnahme über Atemwege, Schleimhäute, Haut und Darmpassage.

Die Haut ist ein Beispiel für eine sensible Oberfläche, in die chemische Stoffe, zum Beispiel Hautkampfstoffe, leicht eindringen und aus der sie durch äußere Dekontaminationsverfahren kaum wieder zu entfernen sind.

Ein anderes Beispiel für Chemikalien schlecht zu dekontaminierende Oberflächen sind handelsübliche Lacke oder Kunststoffgegenstände. Sie setzten der Diffusion von vielen Chemikalien keinen Widerstand entgegen und sind so nicht zu dekontaminieren. Bakterielle Erreger hingegen dringen in der Regel nicht in lackierte Oberflächen und Kunststoff ein und sind mit geeigneten Mitteln gut zu desinfizieren.

Als kontaminiert werden alle Oberflächen bezeichnet, die in Kontakt mit einer gefährlichen chemischen, radiologischen oder biologischen Substanz gekommen sind. Zu diesen Oberflächen zählen beispielsweise Örtlichkeiten, Geräte oder Personen.

CBRN-Substanzen können je nach Eigenschaft auf den Oberflächen anhaften und/oder in sie eindringen. Die Kontaminationen sind in der Regel nicht sichtbar.

Zur Reduzierung und Beseitigung chemischer und radiologischer Kontaminaten kann Wasser beziehungsweise Wasser mit Tensid-Zusatz ausreichend sein. Bei einigen chemischen Stoffen, zum Beispiel Kampfstoffen, müssen besondere Mittel eingesetzt werden.

Bei biologischen Stoffen ist in der Regel eine Desinfektion (Keimzahlreduzierung auf ein nicht mehr infizierendes Maß) notwendig.

Bei Kontaminationen  von Personen ist das Entfernen der kontaminierten Kleidungsstücke beziehungsweise Schutzanzüge in allen Fällen die sicherste Methode.

Es sollen keine Kleidungsstücke über den Kopf gezogen werden um eine inhalative Aufnahme wieder aufgewirbelter Stoffe zu vermeiden. Die Atemwege sind somit besonders zu schützen.